在复仇者联盟众英雄的努力下,于灭霸无限手套事件中化作为灰烬的人们重新回到了人世间,曾经消失的蜘蛛侠(彼得 · 帕克)也回归到了普通的生活之中。数月后,彼得·帕克所在的学校举行了欧洲旅游,帕克也在其中。在欧州威尼斯旅行时,一个巨大无比的水怪袭击了威尼斯。不敌敌人的蜘蛛侠幸得一位自称“神秘客”的男子搭救才击退敌人。之后,神盾局局长找上正在旅游的彼得·帕克并要求其加入神盾局,并安排神秘客协助帕克。神秘客自称来自其他宇宙,并告知一群名为元素众的邪恶势力已经入侵这个宇宙了。为了守护来之不易的和平,蜘蛛侠决定与神秘客联手。然而在神秘客那头罩之中,似乎隐藏着什么不为人知的真相……