继上一集剧情,以爱丽丝在东京为开场,有着超人类特异功能以及带领着她自己的克隆人军团,爱丽丝终于面对面的对抗了她命运中的宿敌,伞公司C.E.O. 威斯克。与威斯克的对决令她失去了所有的特殊能力与军团。爱丽丝开着双人座飞机飞去了阿拉斯加的荒芜之地,踏上了寻找世界上唯一一块儿没有被T病毒影响的世外桃源,阿卡迪亚。爱丽丝遇到她的老战友失忆的克莱尔。他们为了寻找答案来到了一片狼籍的洛杉矶,在那里找到了为数不多的幸存者。从那些幸存者那听说了阿卡迪亚也许没有想像中的那么远,当然,也没有想像中的那么和平。 随着克莱尔慢慢的回复了她的战斗力和记忆,爱丽丝带领着她的伙伴们展开一个前所未有的救援行动。并通过这次的行动发现了所有人都始料未及的惊天大阴谋。