清朝初期,康熙皇帝尚年少,奸臣当道,民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南(刘松仁 饰)在一次行动中幸得韦小宝(周星驰 饰)相救,小宝就此加入天地会,被派到王宫当卧底,偷取藏有清朝秘密的《四十二章经》。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹,做了大官。小宝陷入了两难的状态,他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际,师父陈近南找到了他,并派人监视他回到王宫。宫廷之内十分险恶,鳌拜欲篡夺皇位,而邪教组织神龙教也将真正的皇后软禁,让自己的圣女龙儿(张敏饰)化装成皇后,伺机盗取《四十二章经》。机智的韦小永宝周旋于众人之间,并借假太后龙儿之手将鳌拜制伏。皇帝再封小宝为更大的官,小宝自此权倾朝野,继续做他的边缘人。